Tanto la Junta para Ampliación de Estudios como la Residencia de Estudiantes formaban parte del proyecto de modernización impulsado por la Institución Libre de Enseñanza (ILE), creada en 1876 por un grupo de profesores expulsados de la universidad por defender la libertad de cátedra. Guiados por Francisco Giner de los Ríos (1839-1915), entre ellos se encontraban Gumersindo de Azcárate, Segismundo Moret, Nicolás Salmerón o Augusto González de Linares. Contaron con el apoyo de intelectuales como Joaquín Costa, Federico Rubio o Manuel Ruiz de Quevedo. Manuel B. Cossío, discípulo predilecto de Giner, fue su sucesor en la dirección de la Institución desde 1915.

Su pedagogía fomentaba por igual el cultivo de las ciencias y las humanidades y el diálogo entre ellas, estaba a favor de la libertad docente y científica, y consideraba la educación como un proceso continuo. Sustituyó los exámenes por el seguimiento del alumno e hizo de la experiencia —basada en la observación y el disfrute de la naturaleza— la principal fuente de conocimiento. La Institución Libre de Enseñanza defendió la igualdad social y de sexos, los derechos de la mujer, la búsqueda de la paz y de la cooperación entre los pueblos o la protección del medio ambiente.