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La Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (JAE) estaba presidida por el premio Nobel de Medicina Santiago Ramón y Cajal y tenía por secretario a José Castillejo. Su cometido era impulsar el intercambio científico con los países más avanzados, becando a jóvenes graduados en los centros más prestigiosos del mundo.

La JAE concedió alrededor de 3.500 ayudas entre 1907 y 1939. Los países que recibieron un número mayor de becarios fueron Francia, Alemania, Bélgica, Suiza, Reino Unido, Italia, Austria y Estados Unidos, y las materias más favorecidas fueron, por este orden, Educación, Ciencias Sociales y Humanidades, Ciencias de la Salud, Derecho, Matemáticas, Física y Química y Ciencias Naturales. [Estos datos se pueden consultar en el archivo en línea de la JAE: http://archivojae.edaddeplata.org/jae_app/]

En España, la Junta creó nuevas instituciones científicas y educativas que formaron una red de centros propios, entre los que se encontraban:

• El Instituto Nacional de Ciencias, dirigido por el propio Santiago Ramón y Cajal, con el apoyo de Blas Cabrera en el Instituto de Física y Química o de Ignacio Bolívar en el Museo de Ciencias Naturales
• El Centro de Estudios Históricos, dirigido por Ramón Menéndez Pidal.
• El Instituto-Escuela, centro experimental para la reforma de la enseñanza secundaria y la formación del profesorado.
• La Residencia de Estudiantes.

La Junta representa la culminación de los proyectos llevados a cabo por la Institución Libre de Enseñanza para la modernización de la sociedad española. Fue la empresa de mayor envergadura de las diseñadas por Giner y sus colaboradores, y de las emprendidas por gentes cercanas a la ILE. Muchos de los valores alentados por la Institución y difundidos por la Junta coinciden con los que han hecho posible la transición española a la democracia y la evolución política y social posterior, en convergencia con otras tradiciones que han contribuido a construir la España actual.