En 1988 la Residencia de Estudiantes convocó, con la colaboración del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, las primeras becas de estancia para estudiantes. En 1989 se inicia el programa de becas del Ayuntamiento de Madrid y la Residencia de Estudiantes, que se conceden a jóvenes talentos de España e Iberoamérica. Mediante un concurso público de méritos cada año se selecciona a un grupo de investigadores y creadores que viven en la Residencia durante un curso completo, renovable a tres más. Desde su puesta en marcha, se han ofrecido 250 becas, de las cuales han disfrutado 130 becarios.

A estas becas del Ayuntamiento de Madrid se sumaron, desde 2004 hasta 2010, la beca Roberto Fernández de Caleya y Álvarez para investigadores en Historia de la Ciencia y de la Medicina, convocada por la Fundación Esquerdo; tres becas para investigadores y artistas convocadas, desde 2006 hasta 2010, por el Gobierno de Aragón, y una beca para estudiantes de Dirección Cinematográfica, que, desde 2007, concede la Fundación Borau.