El 12 de junio de 1986, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) restituyó su nombre a la Residencia de Estudiantes en un solemne pero sencillo acto que reunió a un buen número de antiguos residentes. Con la refundación de la Residencia, la esperanza que Alberto Jiménez Fraud había expresado reiteradamente en el exilio se cumplía veintidós años después de su muerte.

Desde entonces, la Residencia, guiada por el espíritu que la alentó en el pasado, desarrolla su actividad en dos direcciones: recuperar y difundir su tradición intelectual y moral, y, al mismo tiempo, propiciar el diálogo entre ciencia y arte, así como la reflexión crítica sobre la educación y la cultura contemporánea, como lugar de encuentro y debate internacional vinculado a la creatividad y la innovación.

En la actualidad, la Residencia organiza y acoge numerosas actividades abiertas al público (exposiciones, conciertos, recitales de poesía, presentaciones de libros, conferencias y congresos), publica los resultados de sus diferentes proyectos en catálogos y libros, y ha reunido una valiosa colección de fondos sobre la cultura española de la Edad de Plata que se conservan en su Centro de Documentación. Además, aloja cada año a alrededor de 4.000 investigadores y creadores de todo el mundo, junto al grupo de jóvenes talentos españoles e iberoamericanos beneficiarios de su programa de becas.

En 2007, la Residencia de Estudiantes fue distinguida con el sello de Patrimonio Europeo.