La Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (JAE) fue la empresa de mayor envergadura de las inspiradas por Giner y representa la culminación de los proyectos llevados a cabo por la Institución Libre de Enseñanza para la modernización de la sociedad española.

Presidida por el premio nobel de Medicina Santiago Ramón y Cajal, su secretario y principal ejecutor fue José Castillejo. Su cometido era impulsar el intercambio científico con los países más avanzados becando a jóvenes graduados en algunos de los centros más prestigiosos del mundo y, a la vez, crear una red de instituciones propias que promoviera en el país la investigación científica y humanística y renovara sus estructuras educativas.

Entre 1907 y 1939 la JAE concedió alrededor de 3.500 ayudas. En 1910 creó la Residencia de Estudiantes, entre otras instituciones científicas y educativas.