|  Licenciado en 1884 y doctor en Ciencias Naturales en 1887 por la Universidad Central de Madrid. En 1886 obtuvo, por oposición, la plaza de profesor auxiliar de Historia Natural en la Universidad de Valladolid, ese mismo año se inscribió en la Real Sociedad Española de Historia Natural; en 1899 ganó la cátedra de Historia Natural en la Universidad de Oviedo.
Zoólogo de formación, discípulo de Ignacio Bolívar, participó activamente en el establecimiento de la Estación de Biología Marítima de Santander, creada en 1886, y en la que, desde junio de 1887, desempeñó el puesto de ayudante de Augusto González Linares. Completó su formación en biología marina en la Stazione Zoologica de Nápoles, donde residió durante los años 1889 y 1890 y, en periodos más breves, en 1900 y 1902. Tras el fallecimiento de González Linares en 1904, pasó a dirigir la Estación Marítima de Santander, adscrita desde 1901 al Museo Nacional de Ciencias Naturales, y que a partir de 1910 quedó integrada en el Instituto Nacional de Ciencias Físico-Naturales dependiente de la JAE. Permaneció en la dirección del establecimiento santanderino hasta que, en abril de 1914, éste pasó a depender —junto al resto de las estaciones marinas— del Instituto Español de Oceanografía, creado al efecto, por lo que se hizo efectivo el traslado de José Rioja a Madrid.
En noviembre de 1918 ocupó la cátedra de Zoografía de Animales Inferiores y Moluscos (invertebrados no artrópodos) de la Facultad de Ciencias de la Universidad Central. José Rioja fue paladín de la causa de los zoólogos vinculados al Museo Nacional de Ciencias Naturales, ansiosos por disponer de una estación marítima en la que realizar sus campañas de campo y profundizar, con sus alumnos de la Universidad Central, en el conocimiento de esta disciplina. Tras varios intentos infructuosos, en junio de 1922, el Ministerio de Instrucción Pública aprobó el establecimiento de una estación marítima en Marín (Pontevedra). La elección del espacio geográfico y del edificio que habría de albergar sus primeras instalaciones corrió a cargo de José Rioja y de su hijo, Enrique Rioja Lo-Bianco. El advenimiento de la dictadura de Primo de Rivera retrasó la puesta en marcha de la Estación de Biología de San Rafael hasta el verano de 1932. La dirección de esta estación, dependiente del Museo Nacional de Ciencias Naturales y financiado por la JAE, fue encomendada a José Rioja pese a su avanzada edad. El programa de actividades de la Estación de Biología Marina de Marín fue muy similar al desarrollado por la estación de Santander mientras ésta estuvo vinculada al Museo de Ciencias Naturales: pretendían completar la enseñanza, teórica y práctica, recibida por los licenciados de ciencias, ofrecer una estructura básica desde donde los investigadores del Museo pudieran realizar sus campañas de prospección marina, recolectar materiales para las colecciones del Museo y potenciar, en la medida que fuera posible, el desarrollo de la industria pesquera local. El laboratorio de Marín estuvo activo hasta 1935; los cursos y campañas de verano que habrían de desarrollarse en 1936 no llegaron a realizarse.
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