Si Francisco Giner de los Ríos y Manuel Bartolomé Cossío, pueden ser considerados los autores intelectuales del proyecto de creación de la Junta para Ampliación de Estudios, Santiago Ramón y Cajal, José Castillejo, Ramón Menéndez Pidal, Blas Cabrera e Ignacio Bolívar fueron, cada uno a su manera, responsables de su puesta en marcha y posterior desarrollo.

Cajal, ya Premio Nobel, aceptó ser el Presidente de este organismo al que se vincularon las personalidades más relevantes de las ciencias y las artes de la época. La habilidad, destreza e inteligencia de José Castillejo, catedrático de Derecho Romano que asumió el cargo de Secretario, resultaron determinantes para llevar a buen término el ambicioso proyecto de la JAE.
El filólogo y lingüista Ramón Menéndez Pidal y el físico Blas Cabrera, fueron las cabezas visibles de los dos puntales en los que se asentó la JAE: el Centro de Estudios Históricos y el Instituto Nacional de Ciencias. Dedicaron su tiempo a la investigación y también se ocuparon de pensar en cómo mejorar la organización y la infraestructura de los espacios donde realizarla. Estas dos instituciones, creadas en 1910, dieron cabida a un complejo entramado de centros con un objetivo común: promocionar la investigación científica en todas las áreas del conocimiento y fomentar la renovación pedagógica.

A la muerte de Cajal en 1934 Bolívar le sucedió en el cargo; fue el último Presidente de la Junta. Director del Museo de Ciencias Naturales desde 1901, modernizó e impulsó los estudios sobre la gea, la flora y la fauna en España.