La Junta realizó un gran esfuerzo en educación. Siguiendo la tradición de la Institución Libre de Enseñanza creo el Instituto-Escuela de Madrid, su propio «laboratorio pedagógico». Los profesores fueron el grupo de profesionales que recibió más becas de la Junta para estudiar los avances pedagógicos europeos e implantarlos después en España.

La JAE incorporó novedades como las prácticas de laboratorio y el trabajo de taller en la escuela; la educación mixta que estimulaba la igualdad de sexos en la sociedad; la formación integral de todas las dimensiones del niño para que fuese un futuro ciudadano culto, informado y libre; el uso del cuaderno escolar que, utilizado como alternativa al libro de texto y al aprendizaje memorístico, contribuía a que el niño descubriese el mundo que le rodeaba en primera persona.

Las prácticas pedagógicas de la JAE pretendían extenderse a toda la enseñanza pública y el funcionamiento del Instituto Escuela marcó un modelo para otros centros educativos. Además, su actividad en relación a la formación del profesorado y sus innovaciones pedagógicas influyeron notablemente sobre los proyectos educativos de la Segunda República.