Una de las principales tareas que llevó a cabo la Junta fue la concesión de becas o pensiones para que maestros, profesionales y científicos de todas las disciplinas pudiesen ampliar sus estudios en el extranjero. La importación de modelos permitió incorporar nuevas formas de trabajo y de transferencia de conocimiento  —seminarios, publicaciones—, así como la creación de nuevos espacios de investigación y de enseñanza.


Desde la Junta se sentaron las bases para establecer una cultura de la ciencia en España, que era el fundamento de los países europeos más desarrollados. También estableció importantes relaciones con instituciones estadounidenses e hispanoamericanas y creó centros en  Europa, como la Escuela Española de Historia y Arqueología en Roma.