La escritura de Prados, concebida siempre en el terreno de la autoconciencia y el autoanálisis, surge del intento de superar las limitaciones impuestas por la enfermedad pulmonar que le obliga en 1921 a pasar una larga temporada en un sanatorio de Davos Platz, Suiza. La palabra poética aparece en él como fuente de revelación y conocimiento personal, encaminada a superar el ámbito de lo privado para volcarse en una compleja visión unificadora en la que quedan integrados la naturaleza, el cosmos y las personas. El continuo esfuerzo por recuperar una voz capaz de expresar, sin simplificaciones fáciles, la emoción interior que despierta la experiencia humana le lleva a un hermetismo que hace difícil el acceso a su poesía. El mar, ejemplo del devenir, del cambio y la permanencia, es el símbolo central de libros como Tiempo, Vuelta, El misterio del agua, Cuerpo perseguido, escritos en su primera época.

Un extraordinario sentido de la generosidad y responsabilidad para con los más desfavorecidos le conduce pronto a formar un grupo de jóvenes con los que crea una especie de «escuela al aire libre» en la que la lectura no es sólo una fuente de información necesaria, sino un instrumento liberador al servicio de la persona. Atraído por los métodos del psicoanálisis y el surrealismo (movimiento que contribuye a introducir muy tempranamente en la poesía española), del uso que hace el grupo de la escritura y el arte irá naciendo un concepto de la actividad artística que pone su énfasis más en el proceso –eminentemente formativo y lleno de elementos utópicos aún sin conformar– de la creación, que en el resultado final. De la escuela surgen una gran cantidad de «objetos», realizados de forma autónoma o en colaboración: textos, pinturas, poemas, dibujos, collages, etc.

Durante el período de la guerra civil española, su concepción fuertemente pedagógica de la poesía se compromete abiertamente con la causa republicana, dando lugar a una experiencia en la que los componentes sociales no renuncian a expresar la autenticidad de los sentimientos, en busca de la construcción de un mundo más justo, hecho a la medida del hombre. La carga abiertamente liberadora de su poesía, arrastrada siempre por una espiritualidad de amplio calado, ha sido simplificada con frecuencia por la crítica, confundiéndola con las extremas circunstancias ideológicas en que se escribió. Exiliado tras la guerra, vivirá en México hasta su muerte en 1962. Es allí donde madura su búsqueda interior, que hace de la memoria un universo simbólico en el que interactúan, al servicio del conocimiento y la iluminación espiritual, pasado, presente y futuro. El sueño es el punto en el que confluyen esos tres elementos y el lugar del que la memoria extrae su potencialidad, el continuo renacer de la esperanza humana. Su libro Memoria del olvido abre el camino del método cognoscitivo que desarrolla en obras como Jardín cerrado, Río natural, La piedra escrita o Signos del ser.

De forma más accesible que en el complejo psicologismo de su poesía, encontramos los fundamentos de su enseñanza en las cartas que envía a sus amigos (José Luis Cano, José Sanchis-Banús, Camilo José Cela, María Zambrano, entre otros), en sus testimonios orales, en la religiosidad laica de su comportamiento, en el silencio que envuelve su práctica de la caridad. Más cerca de las prácticas integradoras y meditativas de la filosofía oriental que del pragmatismo europeo, el poeta –que percibe su propio cuerpo como réplica del universo– restablece el equilibrio armónico del hombre consigo mismo y con la naturaleza. En su intento de reencontrar el sentido de la experiencia, de convertir la escritura en un proceso clarificador que surge siempre desde dentro del que la practica, la obra de Emilio Prados enlaza con los movimientos que han reivindicado la universalidad de las emociones y del pensamiento.

Incansable explorador de lo invisible, su palabra cotidiana constituye un testamento cargado de enorme actualidad y vigencia. En los últimos años 50 escribe a alguno de sus amigos: «Prefiero la soledad al torbellino inútil que no nos deja ver lo que buscamos. [...] La poesía o es un abrirse del ser hacia dentro y hacia fuera, al mismo tiempo, para entregarse, o no es nada.»