• 
• 
• 
• 
• 
• 
• 

Aquestes expectatives van quedar frustrades durant gairebé cinquanta anys: la Residencia de Estudiantes va ser un dels projectes que es van veure truncats per la Guerra Civil Espanyola i la dictadura franquista.

En produir-se la sublevació militar, i aprofitant la presència d’estudiants estrangers, Jiménez Fraud va aconseguir que protegissin diplomàticament la Residencia. Intel·lectuals com Ortega y Gasset, Menéndez Pidal i Dámaso Alonso van trobar així un refugi segur fins que van marxar camí de l’exili o de València, on la Residencia de Señoritas va continuar durant un temps les seves activitats, tot i que sense María de Maeztu, que, com el mateix Jiménez Fraud, va marxar d’Espanya el 1936. El 1937 la Residencia de Estudiantes es va convertir en l’Hospital de Carabineros. Fins al final de la guerra, el director va ser el doctor Luis Calandre, antic metge de la casa i director del laboratori d’anatomia microscòpica. Gràcies a ell, es van poder preservar les instal·lacions.

En finalitzar la guerra, el bàndol franquista ja havia decretat la dissolució de la JAE i els seus centres. Durant els anys posteriors, es va transformar completament la Colina de los Chopos: el pavelló central de la Residencia va passar a ser residència d’investigadors del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, acabat de crear, i l’Auditori es va convertir en la Iglesia del Espíritu Santo. Pel que fa als residents, molts es van quedar a l’Espanya franquista, mentre que d’altres van ser víctimes de la repressió o se’n van anar a l’exili, on van poder continuar amb la seva vida i les seves carreres.